env_cubemap
Если текстуры нормально отобразились в редакторе, то без проблем отобразятся и в движке.
Единственное, если они лежат не внутри pk3, то при запуске движка надо добавлять параметр +sv_pure 0
По поводу прописать в скрипте. Это надо делать, когда у тебя не просто текстура, а шейдер.
Примеры шейдеров в pak0.pk3/scripts. Если задумаешь делать свой, то лучше пользоваться утилитой q3ase